Le soleil se couche aux environs de Tokyo. Des porte-avions lancent leurs appareils en direction d'un immense hémisphère rouge : l'opération Overlord de TERRA débute.
Au même moment, le jeune Ayato Kamina est enfin satisfait de la peinture à laquelle il a sacrifié sa nuit, mais le résultat en valait la peine. Sur ce, il va retrouver ses amis sur le chemin du lycée, alors qu'une mystérieuse femme le prend en filature. Mais cette dernière n'est pas la seule à le surveiller, des sbires cherchent le jeune homme comme si un secret ne devait absolument pas être dévoilé...
Le métro dans lequel les lycéens discutaient subit tout à coup un accident ! Tout le monde est plus ou moins sonné ou blessé, et Ayato décide d'aller chercher de l'aide. Mais ce qu'il trouve au dehors est plus terrifiant encore, c'est la guerre ! Des avions futuristes attaquent la ville... Alors qu'un immeuble manque de l'écraser en s'effondrant, le jeune homme trouve une jeune fille qu'il ne connaît que de façon floue, mais héroïne de son tableau : Reika Mishima. Ces derniers entament la discussion, mais sont vite dérangés par le Dolem Allegretto, une arme étrange qui semble défendre Tokyo.
Suivant Reika dans une station de métro, il la perd soudain de vue, et voit de prétendus agent du gouvernement l'emmener de force ailleurs. C'est là qu'entre en scène Haruka Shitow, la mystérieuse femme ! Elle rosse les sbires, et fait jaillir de leur joue du sang... bleu. Haruka lui demande de la suivre en échange d'explications sur ces évènements : "Je t'expliquerai le reste du monde". Mais le jeune homme préfère suivre Mishima réapparue dans la rame de métro la plus proche. Ensemble, ils se dirigent vers le Temple de Xephon...
Un mystérieux QG dirigé par une dame appellée "Maya" décide d'envoyer un nouveau Dolem au c½ur de la bataille : Fortissimo. Celui-ci interagit avec Falsetto et détruit tous les envahisseurs. Pendant ce temps, Reika et Ayato pénètrent dans le Temple de Xephon et assistent à un spectacle surréaliste... Un écho, comme le chant des Dolem se fait entendre, paralysant le pauvre Kamina qui, entendant Reika chanter à son tour, prononce les mots "Rah... Xephon..." Et tandis que la forteresse volante de "Mu" apparaît au-dessus de Tokyo, l'½uf du Temple de brise, libérant une aile. Un éveil auquel seule Reika assiste, Ayato ayant disparu de ses côtés...
